自称“伊斯兰国”的极端组织发布杀害日本人质后藤健二的视频后，日本政府2日在首相官邸的记者会现场摆放系有黑纱的国旗。官邸正门附近也降半旗致哀。

在2月2日上午的参院预算委员会上，首相安倍晋三对遇害人质表示“诚挚的哀悼”。官房长官菅义伟在记者会上强调：“不能宽恕惨无人道、卑劣的恐怖主义暴行，坚决予以谴责。为让(恐怖分子)付出代价，将继续与国际社会继续合作追究到底。”

对此，日本警察厅于2月1日要求警视厅和千叶县警方成立调查总部。2月1日上午，由60人左右组成的调查总部正式成立，将依据日本法律中允许日本调查海外重要案件的规定，以涉嫌杀人和违反《以人质进行勒索行为处罚法》等嫌疑展开调查。

该调查总部不但将向相关家属等再次听取受害人出国的情况等，还将对自称是“伊斯兰国”的组织发布在互联网上的一系列视频和图像继续展开分析。

在此次事件中，因为仅有声称遭杀害的被害人视频等，而遗体等尚未得到确认。日本警察厅表示，要在“伊斯兰国”统治地区展开调查，“在现实上将极为困难”。据称今后如果事态取得进展，将讨论派出调查人员。

关于此次事件，警察厅高官表示，“现场并没有被锁定，且当地没有可以信赖的治安当局，因此可做的事情很有限”。